Dengan semakin bertambanhnya daerah pemekaran baru yang ada di Papua, maka tuntutan akan pengelolaan keuangan daerah yang lebih baik semakin bertambah. Mulai dari segi perencanaan, penganggaran dan pelaporan harus dapat dijalankan sesuai dengan aturan yang telah ada baik dari pusat maupun di dalam daerah. Untuk itu, dengan adanya Program Magister Keuangan Daerah Universitas Cenderawasih, akan menciptakan Sumber Daya Manusia yang memiliki kapasitas dan kopentensi dalam memahami ataupun mengelola Keuangan Daerah yang lebih baik.
Adapun Kurikulum Pendidikan Magister Keuangan Daerah yaitu:
- Matakuliah Matrikulasi (Non– SKS)
- Teori Ekonomi Manajemen dan Akuntansi
- Statistika dan Komputer
- Bahasa Inggris
- Etnografi Pembangunan Papua